2013年9月22日，上海市人民政府第24次常务会议通过了《中国(上海)自由贸易试验区管理办法》（以下简称《办法》）。该《办法》是根据国务院通过的《中国（上海）自由贸易试验区总体方案》起草制定的，将知识产权保护作为建设自由贸易试验区的重要内容予以突出。

《办法》第三十一条明确规定了要加强自贸试验区知识产权保护，知识产权保护工作对于建设国际水准的投资贸易便利、监管高效便捷、法制环境规范的自由贸易试验区具有重要的意义。

《办法》第四条规定了本市成立中国(上海)自由贸易试验区管理委员会(以下简称“管委会”)。管委会为市政府派出机构，具体落实自贸试验区改革任务，统筹管理和协调自贸试验区有关行政事务，其中包括知识产权方面的行政管理工作。同时，《办法》第八条规定了海关、工商、质监、公安等部门设立自贸试验区办事机构，负责相关的知识产权工作。

《办法》第五条规定了自贸试验区管委会的机构职责,其中包括负责自贸试验区内知识产权方面的行政管理工作, 具体承担知识产权管理部门委托的专利代理机构申报初审和专利广告出证，境外图书出版合同登记，复制境外音像制品著作权授权合同登记，进口图书在沪印制备案等有关行政事务。同时，还负责自贸试验区内专利纠纷的行政调解和处理。《办法》第八条规定了海关、工商、质监、公安等部门的办事机构，依法履行自贸试验区有关监管和行政管理职责，其中包括了涉及知识产权海关保护、地理标志、商标等相关内容的监管和行政管理职责。

《办法》第六条规定了自贸试验区管委会综合执法机构依法集中行使原由本市知识产权管理部门依据法律、法规和规章对著作权、专利权方面的违法行为行使的行政处罚权，以及与行政处罚权有关的行政强制措施权和行政检查权。

《办法》第三十一条还明确规定了鼓励和支持专业机构提供知识产权调解、维权援助等服务，第三十七条规定了支持本市仲裁机构依据法律、法规和国际惯例，完善仲裁规则，提高自贸试验区商事纠纷仲裁专业水平和国际化程度，为发生在自贸试验区内的知识产权纠纷提供调解、仲裁等多元化的解决途径。