专利授权、确权行政纠纷案件一般分为两类：一类是专利驳回复审行政纠纷；一类是专利无效行政纠纷。案件管辖权比较集中，法律规定只有北京市第一中级法院、北京高级法院和最高人民法院依法进行受理和审判。法院受理审判专利行政纠纷案件，是依法行使对行政行为的司法审查权。按照道理，国家知识产权局包括其专利复审委员会等机构是代表国家审查授予专利权的机关，有法有规章如审查指南等可依照遵循，人员素质也很高的，出错甚少的。但是由于各种原因，法律设置的复审和司法审查的程序还是很有必要，多年来，法院通过司法审查程序纠错不少。程序今后应该通盘考虑进行改革，但是司法审查的程序也要坚持和提高水平。

专利确权授权行政纠纷案件的司法审查，主要包括程序上和实体上的审查，审查依据主要是专利法及其实施条例，专利审查指南作为部门规章也常常作为审查参照的依据。

就一般而言，审查的重点涉及的程序问题包括：回避、请求原则、 听证原则以及依职权调查原则的实施情况。根据《专利法实施细则》第三十八条的规定，合议组的告知是当事人行使回避权的前提。因此是否按照法律的规定告知，通常是回避程序审查的一个关节点。所谓请求原则，是指专利确权授权程序基于当事人的请求而启动；又通常仅针对当事人提出的无效宣告请求的范围、理由和提交的证据进行审查，专利复审委员会等不承担全面审查专利有效性的义务。请求责任的主要内容包括：无效宣告请求的理由当事人提出、无效宣告请求的范围由当事人明确、对比文件具体的对比方式由当事人指明、证据的组合与否依当事人的请求。而专利复审委员会则可以对所审查的案件依职权进行审查，而不受当事人提出的理由、证据的限制。这就是所谓的依职权审查原则。请求原则是基本原则，依职权调查原则是补充，其适用应当受到一定限制。         

听证在专利确权授权行政纠纷案件中是一项非常重要的程序，是作出正确实体裁决的基础。听证原则的基本含义是指在作出审查决定之前，应当给予当事人针对审查决定所依据的理由、证据和认定的事实陈述意见的机会。即当事人已经通过通知书、转送文件或者口头审理被告知悉审查决定所依据的理由、证据和认定的事实，并且具有陈述意见的机会。

有时候错误就发生在一些简单却十分重要的程序问题上。有一起专利行政纠纷案案，当事人诉讼了10多年，最终被最高法院认定专利复审机关在告知上存在错误，并没有告知对方请求的具体事实和理由，也就丧失了相应的答辩和陈述意见机会。又如一起专利行政纠纷案件在口审听证中所涉专利权人缺席，并未获得陈述意见的机会；复审决定以创造性否定了涉案专利。专利权人投入大量人力物力对本专利的创造性问题进行了研究，并进行了诉讼；屡战屡败。最后关头，在专家的指导下，发现该案从听证程序上就有瑕疵，而这些瑕疵由于企业内部人员变动等原因并没有被重视和提出。原来，复审机关的听证通知仍发到近十年前专利申请的代理机构，人们一般也容忍此种欠负责人的告知。而此案却在其间该企业已经正式通知复审机关改换了接收通知的单位和地址。且其前一个复审通知正确，而该关键复审却不明原因通知错误造成专利权人缺席，未能陈述其对专利具有创造性的抗辩。而前后两个复审程序的主审人员相同。在实体上对涉案专利的复审也过于苛刻和片面。通知错误造成听证程序出现明显瑕疵，在以往的法院司法复审程序中，却没有发现和提出，这不能不说明诉讼准备和经验的缺乏。好在这在终审的最后一刻得到纠正。